Arrêt Maladie Auto-Entrepreneur : Indemnités et Droits en 2025

En 2025, les auto-entrepreneurs bénéficient d’indemnités journalières en cas d’arrêt maladie sous certaines conditions. Ces indemnités visent à compenser la perte de revenus durant la période d’incapacité de travail.

Tomber malade quand on est auto-entrepreneur, c’est une double peine : la santé qui flanche, et le chiffre d’affaires qui s’effondre. Contrairement à un salarié qui bénéficie du maintien de salaire, l’auto-entrepreneur doit composer avec un système de protection sociale moins généreux… mais qui existe bel et bien. Encore faut-il connaître ses droits et savoir comment les activer.

En 2025, les règles ont évolué et les conditions d’accès aux indemnités journalières se sont précisées. Voici tout ce que vous devez savoir pour être protégé en cas d’arrêt maladie.

Qu’est-ce que la protection sociale couvre pour un auto-entrepreneur ?

Un Régime Général, Mais Pas Identique au Salarié

Depuis 2018, tous les auto-entrepreneurs (anciennement rattachés au RSI) dépendent du régime général de la Sécurité sociale, géré par la CPAM (Caisse Primaire d’Assurance Maladie). C’est une bonne nouvelle : la couverture santé est globalement équivalente à celle d’un salarié pour les soins médicaux.

En revanche, les indemnités journalières (IJ) versées en cas d’arrêt maladie fonctionnent différemment. Le calcul, les conditions d’accès et les montants obtenus sont directement liés à votre chiffre d’affaires déclaré — et non à un salaire fixe.

Les Deux Types d’Arrêts Couverts

La CPAM distingue deux situations :

• L’arrêt maladie ordinaire : maladie, accident non professionnel, hospitalisation
• L’arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle : si vous avez souscrit la cotisation AT/MP optionnelle

Pour bénéficier des indemnités en cas d’accident du travail, l’auto-entrepreneur doit avoir souscrit volontairement à la cotisation accidents du travail auprès de l’URSSAF. Cette option est souvent négligée, à tort.

Quelles sont les conditions pour percevoir des indemnités journalières en cas de maladie ?

Condition n°1 : Être Immatriculé Depuis au Moins un An

Pour percevoir des indemnités journalières maladie, vous devez justifier d’au moins 12 mois d’immatriculation en tant qu’auto-entrepreneur. Pas de raccourci possible : si vous tombez malade dans vos premiers mois d’activité, vous ne percevrez rien.

Condition n°2 : Avoir Généré un Chiffre d’Affaires Suffisant

C’est le critère le plus important — et le plus discriminant. Pour ouvrir vos droits, vous devez avoir déclaré un chiffre d’affaires minimum sur les 12 derniers mois précédant l’arrêt.

En 2025, le seuil minimal de revenu annuel moyen retenu est de 3 948 € brut (soit environ 329 € par mois). En dessous de ce seuil, aucune indemnité n’est versée.

Ce revenu est calculé à partir de votre chiffre d’affaires, auquel on applique un abattement forfaitaire selon votre activité :

• 71 % pour les activités de vente de marchandises
• 50 % pour les prestations de services commerciales ou artisanales
• 34 % pour les activités libérales

Autrement dit, pour un auto-entrepreneur en prestations de services avec un CA annuel de 10 000 €, le revenu retenu est de 5 000 € (après abattement de 50 %).

Condition n°3 : Un Arrêt Prescrit par un Médecin

L’arrêt maladie doit être prescrit par un médecin (généraliste ou spécialiste). Le certificat médical doit être transmis à votre CPAM dans les 48 heures suivant la prescription.

Condition n°4 : Respecter le Délai de Carence

Contrairement aux salariés (3 jours de carence), les auto-entrepreneurs subissent un délai de carence de 3 jours pour les arrêts maladie ordinaires. Les indemnités commencent donc à courir à partir du 4e jour d’arrêt.

Pour les accidents du travail (si vous avez souscrit la cotisation optionnelle), le délai de carence est réduit à 1 jour.

Comment sont calculées les indemnités journalières pour un auto-entrepreneur en 2025 ?

La Formule de Calcul

Le montant de votre indemnité journalière est calculé sur la base de votre revenu annuel moyen des 3 dernières années civiles (ou depuis la création si vous avez moins de 3 ans d’activité).

La formule officielle :

IJ = Revenu annuel moyen / 365

Puis ce montant est plafonné à 1/730e du plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS). En 2025, le PASS est fixé à 47 100 €, ce qui donne un plafond d’IJ de 64,52 € par jour.

Le montant minimum garanti est de 1/730e de 40 % du PASS, soit environ 25,82 € par jour (si vous remplissez les conditions minimales de revenu).

Exemple Concret n°1 : Prestataire de Services avec 15 000 € de CA

Marie est graphiste indépendante. Elle déclare 15 000 € de chiffre d’affaires par an depuis 3 ans.

• Abattement applicable : 34 % (activité libérale)
• Revenu retenu : 15 000 € × 66 % = 9 900 €
• Revenu annuel moyen sur 3 ans : 9 900 €
• IJ brute : 9 900 / 365 = 27,12 € par jour

Après le délai de carence de 3 jours, Marie percevra 27,12 € par jour à partir du 4e jour d’arrêt. Pour un arrêt de 30 jours, elle touchera environ 730 € bruts.

Exemple Concret n°2 : Artisan avec 30 000 € de CA

Thomas est plombier auto-entrepreneur. Il déclare 30 000 € de CA annuel depuis 4 ans.

• Abattement applicable : 50 % (prestations artisanales)
• Revenu retenu : 30 000 € × 50 % = 15 000 €
• IJ brute : 15 000 / 365 = 41,10 € par jour

Pour un arrêt de 60 jours (à partir du 4e jour), Thomas percevra : 57 × 41,10 € = 2 342,70 €. C’est loin de compenser son manque à gagner réel, d’où l’importance d’une prévoyance complémentaire.

Exemple Concret n°3 : Vendeur avec Faible CA

Sophie vend des créations artisanales en ligne. Son CA annuel moyen est de 5 000 €.

• Abattement applicable : 71 % (vente de marchandises)
• Revenu retenu : 5 000 € × 29 % = 1 450 €
• Ce montant est inférieur au seuil minimal de 3 948 €

Sophie ne remplit pas les conditions de revenu minimum. Elle ne percevra aucune indemnité journalière. Ce cas illustre parfaitement pourquoi une prévoyance privée est indispensable pour les auto-entrepreneurs à faible CA.

Quelle est la durée de versement des indemnités journalières en cas d’arrêt maladie ?

Pour un Arrêt Maladie Ordinaire

Les indemnités journalières peuvent être versées pendant 360 jours maximum sur une période de 3 ans. Au-delà, si l’incapacité persiste, vous pouvez basculer vers une pension d’invalidité, sous conditions.

Pour une Longue Maladie

Si l’arrêt dure plus de 6 mois consécutifs, votre dossier peut être examiné par le médecin-conseil de la CPAM pour évaluer votre capacité à reprendre le travail. Une invalidité de catégorie 1, 2 ou 3 peut alors être reconnue, ouvrant droit à une pension mensuelle.

Pour les Accidents du Travail (Cotisation Optionnelle)

Si vous avez souscrit la cotisation AT/MP, les indemnités sont versées dès le 2e jour (carence d’un seul jour) et peuvent atteindre 80 % du revenu journalier de référence — un régime nettement plus favorable.

Le taux de cotisation AT/MP pour les auto-entrepreneurs est d’environ 0,69 % à 3,45 % du chiffre d’affaires selon l’activité. Un investissement modeste pour une protection significativement améliorée.

Quelles sont les démarches pratiques à effectuer en cas d’arrêt maladie pour un auto-entrepreneur ?

Étape 1 : Obtenir et Envoyer le Certificat Médical

Dès la prescription de l’arrêt, votre médecin complète un formulaire Cerfa. Vous devez envoyer les volets 1 et 2 à votre CPAM dans les 48 heures. Le volet 3 est conservé.

Depuis 2021, la télétransmission est possible si votre médecin utilise un logiciel compatible. Dans ce cas, vous n’avez rien à envoyer manuellement.

Étape 2 : Remplir la Déclaration de Revenus

La CPAM vous demandera de fournir votre attestation de chiffre d’affaires pour calculer vos droits. Vous pouvez la télécharger depuis votre espace URSSAF ou l’application AutoEntrepreneur.

Étape 3 : Continuer (ou Non) à Déclarer à l’URSSAF

Pendant un arrêt maladie, vous pouvez continuer à déclarer un CA si vous travaillez partiellement (avec accord médical), ou déclarer un CA nul si vous êtes en arrêt total. Attention : déclarer un CA nul pendant plusieurs mois consécutifs peut affecter vos droits futurs.

Pour en savoir plus sur vos obligations déclaratives, consultez notre guide Déclarer Son Chiffre d’Affaires URSSAF : Guide Pas à Pas.

Étape 4 : Informer Vos Clients

Légalement, vous n’êtes pas tenu d’informer vos clients, mais c’est une bonne pratique professionnelle. Si vous avez des contrats en cours, vérifiez les clauses de force majeure ou de suspension.

Quelles sont les limites du système d’indemnités maladie pour les auto-entrepreneurs et comment s’en protéger ?

Le Gap de Protection : Un Problème Réel

Même avec un CA confortable, les indemnités journalières de la CPAM restent souvent très insuffisantes pour maintenir son niveau de vie. Un auto-entrepreneur qui gagne 3 000 € par mois ne percevra que quelques dizaines d’euros par jour — loin de compenser.

C’est pourquoi la prévoyance complémentaire est quasi-indispensable pour tout auto-entrepreneur sérieux. Consultez notre guide complet sur la Prévoyance Auto-Entrepreneur : Se Protéger en Cas d’Arrêt pour comparer les offres du marché.

La Mutuelle : Un Complément Indispensable

Si les IJ couvrent la perte de revenus (partiellement), la mutuelle santé prend en charge le reste à charge des soins. Elle n’est pas obligatoire pour les auto-entrepreneurs, mais fortement recommandée. Notre comparatif Mutuelle Auto-Entrepreneur : Obligatoire ou Non ? vous aidera à choisir la meilleure option selon votre situation.

L’AGEFIPH pour les Auto-Entrepreneurs en Situation de Handicap

Si vous êtes reconnu travailleur handicapé (RQTH), des aides spécifiques peuvent compléter votre protection en cas d’arrêt prolongé. L’AGEFIPH : Aides pour Auto-Entrepreneurs en Situation de Handicap propose notamment des fonds d’urgence et des accompagnements adaptés.

Comment sont gérées les cotisations URSSAF pendant un arrêt maladie pour un auto-entrepreneur ?

Que Se Passe-t-il avec Vos Charges ?

Pendant un arrêt maladie, si vous déclarez un CA nul, vous ne payez pas de cotisations URSSAF (le régime de l’auto-entrepreneur étant basé sur le CA réel). C’est un avantage indéniable du statut.

En revanche, si vous continuez à percevoir des revenus (sous-traitance, activité partielle autorisée), les cotisations restent dues sur le CA déclaré. Pour comprendre le détail des taux applicables en 2025, consultez notre guide sur les Cotisations URSSAF Auto-Entrepreneur 2025 : Taux et Calcul.

Impact sur les Droits à la Retraite

Une période d’arrêt maladie prolongée avec CA nul peut affecter la validation de trimestres de retraite. En 2025, pour valider un trimestre, il faut avoir cotisé sur un revenu annuel d’au moins 1 690 € (soit 6 760 € pour 4 trimestres). Un arrêt long peut donc créer des trous dans votre carrière retraite.

Quel est le tableau récapitulatif des droits aux indemnités maladie pour les auto-entrepreneurs en 2025 ?

Quelles sont les questions fréquemment posées concernant l’arrêt maladie des auto-entrepreneurs ?

Un auto-entrepreneur peut-il toucher des indemnités journalières dès sa création ?

Non. Pour bénéficier des indemnités journalières maladie, vous devez être immatriculé depuis au moins 12 mois consécutifs et avoir généré un chiffre d’affaires suffisant sur cette période. Si vous tombez malade dans votre première année d’activité, vous ne percevrez aucune indemnité de la CPAM au titre de la perte de revenus. En revanche, vous bénéficiez toujours de la prise en charge des soins médicaux (consultations, médicaments, hospitalisation) dès votre affiliation. C’est une raison supplémentaire de souscrire une prévoyance privée dès le lancement de votre activité.

Comment la CPAM calcule-t-elle mon revenu si j’ai moins de 3 ans d’activité ?

La CPAM utilise la moyenne des revenus disponibles depuis votre immatriculation. Si vous avez 2 ans d’activité, elle calcule la moyenne sur ces 2 années. Si vous avez exactement 12 mois, elle se base sur cette seule année. Le revenu pris en compte est votre chiffre d’affaires après application de l’abattement forfaitaire (71 %, 50 % ou 34 % selon votre activité). Plus votre historique de CA est récent et limité, plus votre IJ risque d’être faible — d’où l’importance de déclarer régulièrement son CA à l’URSSAF, même en période creuse.

Puis-je cumuler indemnités journalières et chiffre d’affaires pendant un arrêt ?

En principe, un arrêt maladie implique la cessation totale d’activité. Toutefois, dans certains cas (reprise progressive autorisée par le médecin), il est possible de travailler partiellement et de percevoir simultanément des IJ réduites et un CA. Vous devez impérativement informer votre CPAM de toute reprise partielle. Travailler pendant un arrêt sans le déclarer constitue une fraude et peut entraîner le remboursement des indemnités perçues, voire des sanctions. La CPAM peut effectuer des contrôles, notamment en vérifiant vos déclarations URSSAF.

La cotisation AT/MP optionnelle vaut-elle vraiment le coup ?

Absolument, dans la plupart des cas. La cotisation accidents du travail / maladies professionnelles est facultative pour les auto-entrepreneurs mais offre des avantages significatifs : délai de carence réduit à 1 jour (contre 3), prise en charge à 100 % des soins liés à l’accident, et indemnités journalières calculées à 80 % du revenu journalier de référence. Le coût de cette cotisation varie entre 0,69 % et 3,45 % de votre CA selon votre secteur d’activité. Pour un artisan du bâtiment ou tout professionnel exposé à des risques physiques, c’est une protection indispensable. Pour un consultant en télétravail, le rapport coût/bénéfice est à évaluer selon votre situation personnelle.

Que faire si mes indemnités journalières sont insuffisantes pour couvrir mes charges fixes ?

C’est malheureusement la réalité de nombreux auto-entrepreneurs : les IJ de la CPAM ne couvrent qu’une fraction des revenus réels. Pour pallier ce manque, plusieurs solutions existent. La prévoyance complémentaire individuelle (contrat Madelin ou contrat standard) permet de percevoir des indemnités supplémentaires en cas d’arrêt, souvent dès le 1er, 3e ou 8e jour selon le contrat choisi. Certaines banques et néo-banques proposent également des assurances intégrées à leurs offres pro. En cas de difficultés financières liées à un arrêt prolongé, vous pouvez aussi solliciter un délai de paiement auprès de l’URSSAF pour vos cotisations, ou contacter votre CPAM pour un accompagnement social. Ne restez pas seul face à cette situation : des assistantes sociales spécialisées peuvent vous orienter vers des aides d’urgence.